1644年，清军入关占领北京，清朝把都城迁到那里，开始了对全国的统治。

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　这时，除去张名振、张煌言等奉鲁王在浙江沿海一带继续抗清外，守两广的瞿式耜、丁魁楚又在肇庆拥立桂王朱由榔，改元永历，成立了永历政府，朱由榔就是明昭宗，一般称为“永历帝”。永历政府成立的时候，清军已控制了黄河流域和长江下游地区。永历政府既要抵抗八旗兵的南下，又坚持镇压农民军，因此他们不得不转向另一股势力——西方殖民主义者求援。永历帝登基以后，派波兰籍传教士卜弥格携带马太后和司礼监秉笔太监庞天寿两人的亲笔信前往梵蒂冈教廷求助，皇室中亦多有受洗入天主教者。南明朝廷又命当时已信仰天主教的大臣瞿式耜前往澳门借得葡萄牙兵300人和重炮数门，一度起效，但为时不久，因此不得不同意和农民军合作。

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　顺治三年（1646 年，隆武二年）九月，清军分三路向西南进攻，企图一举消灭明朝的残余势力。清平南大将军孔有德、尚可喜、金砺等率师自荆州南向，攻占岳州（今湖南岳阳）后溯湘江而下。佟养甲、李成栋部清军自闽南入粤攻占惠州、潮州。在这个紧急时期，李自成的部将李过、高必正、郝摇旗等人率领农民军出现在湘鄂战场的最前线。他们和驻守湖南的明军将领何腾蛟等合作，联兵抗击清军，挫败了清军的攻势。

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但此时永历、绍武两朝廷争战方酣，顺治四年（1647 年，永历元年），自福建来的李成栋趁机袭占广州，杀死刚刚登基43天的绍武帝（嗣唐王）朱聿鐭，又攻打肇庆，永历政府辗转奔逃两广间。郝摇旗部护永历皇帝居柳州，并出击桂林的清兵。

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顺治五年（1648 年，永历二年），郝摇旗、李过与何腾蛟、瞿式耜的军队，连续大败清兵于岳州、全州，收复了衡阳、长沙等地。这时，在广东、四川等地的农民军也起来响应。已经投降了清朝的明将领，如江西金声桓和广东李成栋等人又背叛了清朝。永历政府重占湖南、两广、江西、四川、云贵七省。在清军的后方，榆园军、吕梁山的起义军和关中农民军都发动广泛的攻势，曾经参加过农民起义的陕甘回民也在米喇印、丁国栋领导下举行了反清起义。于是南北呼应， 势相连结，在南明时期出现了第一次抗清的高潮。

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　永历政府的当权派并没有利用这种有利的形势举行反攻，而是分党分派，争权夺利。以降将李成栋为首的楚党，和由永历帝亲近组成的吴党，彼此攻讦无虚日，都想援引外镇的武力来控制永历政府。永历政府内部的不团结，就给清军以喘息的机会。顺治六年（1649年，永历三年）秋，耿仲明、尚可喜部清军越过大庾岭，再度南下，攻克南雄、韶关，招降潮州、惠州，十月，占领广州。广东大部已为清军所占。孔有德军则从湖南永州南进，连下全州、桂林。顺治六七年间（1649—1650 年），何腾蛟、瞿式耜先后在湘潭、桂林的战役中被俘不屈而死。以后李过病亡，他的儿子李来亨和郝摇旗、高必正、刘体纯等被迫率领农民军回到巴东荆襄等地，组成了夔东十三家军，拥立明韩王朱本铉为帝，年号定武（一说无此人）独立抗击清军。反清的斗争又转入低潮。

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　在抗清形势再度恶化，永历政府放弃肇庆、梧州，仓皇西奔无地容身的时候，李定国等领导的农民军又出现在反清斗争的最前线。李定国是陕西榆林县的农民，从十岁起就参加了起义军，在年青时代即以“赛尉迟”的绰号闻名于张献忠的农民军中。张献忠死后，他一直坚持抗清的战争。[7]顺治九年（1652 年，永历六年）以前，李定国、孙可望等已向永历帝表示，愿意同永历政府联合抗清，遭到永历政府的拒绝。后来永历政府直到走投无路，才接受孙李的建议，在贵州安隆所投靠了农民军。顺治九年（1652 年，永历六年），李定国发动了大规模的反攻，他统领西南苗、瑶、壮、彝各族人民所组成的军队东出广西，下桂林，反攻湖南，南入广东，“两蹶名王，天下震动”[8]，前后败敌数十万人，得到永历政府建立以来空前未有的大捷。同时，刘文秀出兵四川，大败吴三桂，克复了川南各州县，并与夔东十三家军取得了联系。而活动在东南沿海一带的张煌言、张名振和郑成功等人率领的抗清队伍在此时也开始反攻，并接受永历皇帝赐给的封号，甚至兵临南京城下，形成了第二次抗清的高潮，连顺治帝都准备逃往山海关外了。

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　就在此时，永历政府中的宦官马吉祥等挑拨李定国和孙可望的关系，党争又起，孙可望在顺治十一年（1654年，永历八年）制造了骇人听闻的“十八先生之狱”。顺治十三年（1656 年，永历十年），孙可望发动了进攻李定国的内战，兵败后投降清朝。这一切都使抗清力量大损。  永历帝殉国处
清朝政府屡次诱降李定国，均被拒绝。[9]李定国在极端艰苦的条件下，坚持抗清，没有动摇。顺治十六年（1659 年，永历十三年）正月，吴三桂攻下云南府（今云南昆明）， 永历帝流奔缅甸，李定国倾其全军设伏于磨盘山，企图一举歼灭敌人的追兵， 伏兵的全盘计划被内奸泄露，结果失败。顺治十八年（1661 年，永历十五年），吴三桂率兵入缅，永历帝被俘，被绞杀于云南府城。明年，李定国在勐腊（今西双版纳东南地区）忧愤而死。李定国反抗满洲侵略的斗争在明末的历史上留下了可歌可泣的一页。

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　夔东十三家农民军的处境在当时也非常艰苦。他们在荆襄、川东的群山中，“屯种山田，岁收麦种草绵，供粮食衣履”[10]，但仍在李来亨、郝摇旗等的领导下，继续坚持抗清的斗争。顺治十六年（1659 年，永历十三年），李来亨等曾由水道进攻重庆支援李定国。在李定国败死后，清朝即调动四川、湖广、陕西三省的兵力，围攻这支抗清的队伍。康熙三年（1664 年，永历十八年），李来亨在清兵的重围下粮尽援绝，全家自杀，这支农民军全部壮烈牺牲（详见茅麓山战役）。

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　当农民军在西南进行艰苦抗清斗争的时候，东南沿海一带的人民也在郑成功的领导下进行抗清活动。郑成功是郑芝龙的儿子，他们父子都在唐王政府为官。郑芝龙早年是著名的海盗，曾垄断东亚海域贸易，雄长于西太平洋，造成“海舶不得郑氏令旗者，不能来往”的现象，连葡萄牙、西班牙都要让让郑芝龙三分（事实上明末西、葡国力已一落千丈，其海上霸主地位逐渐被英国、法国、荷兰所取代），形成一股庞大的海上家族政治势力。后来郑芝龙接受明朝招抚，接着成为南明唐王（隆武）政府的太师，兼兵、工、户部尚书，封建安伯（后改平国公）。隆武帝还赐郑成功“朱”姓，封忠孝伯，这就是郑成功被称为“国姓爷”的来历。后来郑芝龙降清，郑成功则继续抗清。

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郑成功以厦门、金门为据点， 曾先后围攻福州，攻克台州。清廷曾以靖海将军加授澄海公招降，遭到他的严词拒绝。顺治十年（1653年，永历七年）被南明永历皇帝册封为“延平郡王”。顺治十六年（1659 年，永历十三年），郑成功联合浙江张煌言等发动了一次大反攻，从海道溯长江， 直达南京近郊，占领了镇江、芜湖等四州三府二十四县。他们的行动与李定国的起义军遥相呼应，使清廷大为震动。但由于战略上的错误，郑成功在南京被清兵所击败。

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为了建立根据地，郑成功于顺治十八年（1661 年，永历十五年）率大军在台湾登陆，次年，赶走了窃踞台湾的荷兰殖民者，收复台湾。郑成功在台湾设置承天府，建立行政机构，奉南明永历正朔，招徕大陆难  郑成功像
民，屯田垦荒，又派遣汉族“农师”向高山族人民传播先进的生产技术，加速了台湾地区社会经济的发展。不久郑成功逝世，其子郑经袭延平郡王位，并奉明宗室宁靖王朱术桂为监国。郑氏在台湾建立的政权又被称为“明郑”。

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郑成功的抗清势力一直是清王朝的心腹大患，甚至有人提出清顺治帝就是被郑成功军的大炮击中而死的。[11]台湾明郑势力也确实给大陆明朝遗民一丝希望。当时著名遗民诗人屈大均曾有诗云：“中华余一岛，正朔在重溟。望断黄龙舰，风帆似水萍。”（《经阳江电白边界感赋》）就反映了这一点。因此满清为了消灭明郑势力，一方面下达“迁界禁海”命令，逼迫沿海百姓后撤30里，焚烧所有船只，停止一切海上贸易，“片板不许下海”；又多次派人同明郑集团议和，但因为某些条款（如剃发易服）未达成一致而招致谈判破裂。清政府还企图勾结荷兰瓜分台湾，曾和荷兰殖民者一道屠洗了思明州（今厦门）的军民，然而因为种种原因都没有实现，因而明郑也维持了相当长的一段时间。

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　康熙十二年（1673年，永历二十七年），原已降清的明朝将领吴三桂、耿精忠和尚之信等又先后起兵反清，这就是所谓的“三藩之乱”。吴三桂起兵云南，尚之信起兵广东，耿精忠起兵福建，郑经也乘势攻占了泉州、漳州、温州等地。吴三桂等三人都是汉民族的败类，他们起兵的目的是为了与清朝分割土地，因而他们得不到广大人民的支持。三藩的叛乱历时八年，为清兵所平息，而郑经也退回台湾。

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　　康熙二十二年（1683 年，永历三十七年），清朝政府派汉人降将施琅大举进攻台湾，郑成功孙郑克塽战败投降，监国朱术桂自杀，坚持了四十年的反清武装斗争至此以失败而告终。清王朝也最终确立了在中国的统治。

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1644年（明崇祯十七年，清顺治元年） 　　三月：李自成攻入京师，明崇祯帝上吊自杀，明朝灭亡。 　　四月：清军在吴三桂的带引下大举入关，在山海关击败李自成农民军。 　　五月：明福王朱由崧在南京登基，改元“弘光”。南明开始。 　　九月：清朝迁都京师。

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　　1645年（清顺治二年，南明弘光元年，南明隆武元年） 　　一月：清军攻占西安，李自成南遁湖广。 　　四月：清军攻破扬州，史可法遇害。清兵屠扬州，史称“扬州十日”。李自成在九宫山牺牲。  史可法像
五月：清军攻占南京，不久俘虏朱由崧。 　　六月：清廷相继颁布“剃发令”和“易服令”。鲁王朱以海监国于绍兴。唐王朱聿键在福州称帝，建元“隆武”。 　　六月—八月：江阴、嘉定等地人民举行抗清起义，均遭清军屠杀，史称“江阴八十一日”和“嘉定三屠”。

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　1646年（清顺治三年，南明隆武二年） 　　六月：清军攻占浙江，攻灭鲁王监国。 　　八月：清军攻占福建，南明隆武帝朱聿键被杀。 　　十月：桂王朱由榔监国于肇庆，不久称帝，改元“永历”。 　　十二月：清军攻占四川，大西王张献忠在凤凰山被杀。清军攻陷广州，杀绍武帝朱聿鐭。

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　1648年（清顺治五年，南明永历二年） 　　郝摇旗、李过与何腾蛟、瞿式耜的军队，连续大败清兵于岳州、全州，收复了衡阳、长沙等地。这时，在广东、四川等地的农民军也起来响应。已经投降了清朝的明将领，如江西金声桓和广东李成栋等人又背叛了清朝。 　　在清军的后方，榆园军、吕梁山的起义军和关中农民军都发动广泛的攻势，曾经参加过农民起义的陕甘回民也在米喇印、丁国栋领导下举行了反清起义。南明出现第一次抗清的高潮。

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　1649年（清顺治六年，南明永历三年） 　　一月：清军攻占湖南，何腾蛟在湘潭遇害。 　　1650年（清顺治七年，南明永历四年） 　　李来亨、郝摇旗等人组成“夔东十三家”军抗清。 　　十一月：清军再度攻占广州，大肆屠杀。 　　清军占领桂林，瞿式耜在桂林遇害。 　　1652年（清顺治九年，南明永历六年） 　　李定国率军东出广西，下桂林，反攻湖南，南入广东。清敬谨王尼堪被杀，定南王孔有德自焚。 　　刘文秀出兵四川，大败吴三桂，克复了川南各州县，并与夔东十三家军取得了联系。 　　活动在东南沿海一带的张煌言、张名振等人率领的抗清队伍在此时也开始反攻，并接受永历皇帝赐给的封号，形成了第二次抗清的高潮。 　　冬，南明永历皇帝在孙可望的协助下迁都贵州安龙。

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1654年（清顺治十一年，南明永历八年） 　　三月：孙可望制造“十八先生之狱”，李定国和孙可望关系恶化。 　　1656年（清顺治十三年，南明永历十年） 　　孙可望大举进攻李定国，失败后降清。 　　1659年（清顺治十六年，南明永历十三年） 　　一月：吴三桂率清兵攻占云南，永历帝朱由榔流亡缅甸。 　　李定国在磨盘山被吴三桂击败。 　　七月：郑成功、张煌言北伐，直逼南京，后为清军所败。