马友友在个人演奏生涯和与其它乐界菁英合作的调配上也找到了相当的平衡点。除了独奏演出外,和他合作过,原属不同音乐范畴的音乐工作者更是五花八门;从古典曲目、当代乐派、到流行音乐与电影配乐,他邀请过的合作对象在音乐中都与马友友激发出前所未闻的音乐新风貌,也因此往往成为当时最受瞩目的话题佳作!
从彻底以古大提琴风格再现璀璨巴洛克风华的最新专辑《繁花似锦巴洛克》 (Simply Baroque)与本世纪最后一次演出完整版的《马友友的巴哈灵感》(The Cello Suites Inspired by Bach)赋予巴洛克音乐新世纪的前瞻风貌,打入流行榜 与跨界乐坛的唯一大提琴探戈音乐作品《马友友的探戈灵魂》(Soul of the Tango) 到收录结合台湾原住民颂歌的《超魅力》(Super Charm),马友友不仅一次次带给乐迷新的聆赏飨宴,他收放自若的音乐诠释,让人不禁真的以为这些一再令人赞叹的作品,原就为了马友友的大提琴艺术而存在!